基本方針は小学生コースと変わりませんが、中学校からは定期テストが行われ、高校入試のことも考えると、成績のことを気にする必要がどうしても生じます。中学生コースでは「学校の授業が全くわからない」といった場合でも、生徒ひとりひとりに親身に向き合い、一緒に相談しながら学習計画を立てて指導を行います。

中学生コースでも、英検や数検対策を行っています。生徒のレベルに応じて、生徒各自に見合うペースで対策指導を行います。夏休みや冬休みを利用して集中的に対策を行うことも可能です。

フルーツバスケットでは様々なレベルに応じた指導が可能です。中高一貫校では通常の公立校よりも進度の速い授業が行われていますが、フルーツバスケットでは生徒各自の要望に応じて大学受験の基礎となるようなハイレベルな指導も可能です。

基本的に授業は、三軒茶屋駅直結のキャロットタワー3Fの共有スペースにて行いますので、通学に際しても便利で安全です。授業の日程はすべて講師と生徒の相談によって決定するため、部活などで変動しやすい細かい日程の調整でも融通が利きます。担当できる講師は多く在籍しているため、万一どうしても予定が合わない場合にも代講が可能です。

学習に際し、ペース調整といった面では個別指導が望ましいですが、どうも個別指導は敷居が高い&友達と一緒に授業を受けたい といった要望もあり、生徒数人（多くの場合が2~3人）でのグループ指導も多く行っています。